將細菌基因組打斷，是構建文庫的第一步，也是構建多樣文庫的一個重要保障。超聲波和酶切法是兩種常用的斷裂基因組的方法。
下面我們看一下分別用超聲波和酶切法打斷“布魯菌16M株”基因組的效果圖。
對比效果展示
調整超聲時間，打斷結果圖
基因組打斷效果檢測分析
基因組打斷效果檢測分析：為了建立布魯菌基因組隨機文庫，通過用Sau3AI 酶切和超聲破碎基因組，得到想要的基因片段，為后續試驗做準備。所需基因片段小于500 bp，片段均勻，大小適中（通過調整不同參數，確定最佳參數）。而通過電泳檢測可知， 酶切法得到的基因片段大多數都是小片段，超聲法得到的片段為一條抹帶，符合后續試驗需要。
超聲法對DNA的打斷是隨機的，且實驗重復性較高。對于那些與DNA結合不緊密的蛋白或低豐度表達的蛋白，如調控因子、轉錄因子等通常需要用交聯試劑固定樣本 ( 細胞或組織) 以穩定蛋白質和DNA的形態，這種情況最好用超聲法。如果樣本無需交聯，例如研究對象是與DNA 結合緊密的蛋白或高豐度表達的蛋白，那么便可以使用酶法。但酶切法得到的DNA片段相對較短，不適合染色質免疫共沉淀技術及與芯片方法的結合(CHIP－Chip) 實驗和染色質免疫沉淀測序(CHIP－Seq) 實驗。
超聲波DNA打斷用到的儀器
超聲波DNA打斷儀采用等溫非接觸的方式對樣品進行打斷、勻漿和混合。用于無菌、可超微量破碎，隔著離心管能打斷染色體。專為二代測序DNA樣本與染色質免疫共沉淀實驗樣本前處理量身訂做。相比傳統的探頭超聲波破碎儀，探頭與樣品直接接觸，一次只能處理一個樣品，實驗周期長。對于多個樣品，需要重復使用同一探頭，容易造成樣品交叉污染。非接觸式樣品可在密閉容器下進行破碎，不產生感染性飛霧，超聲探頭與樣品不接觸，避免交叉污染。對于每天要處理多個樣品或者貴重樣品的實驗室。
非接觸超聲波DNA破碎儀具有處理高通量，樣本低損耗，無交叉污染等優勢。逐漸成為ChiP(染色質免疫共沉淀)和DNA剪切研究平臺不可缺少的標準化工具。
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